Intenta así:
SELECT je1.TransId , je.baseref 'Num. Origen',je.Ref1 'Referencia',je.RefDate ,je.createdate 'Fecha de sistema',acc.AcctCode 'Numero Cuenta',acc.AcctName'Nombre Cuenta' ,
je.Memo'Transaccion' ,je1.Debit'Debito' ,je1.Credit'Credito',
Quien_lo_creo = CASE je.usersign
when 1 then 'Manager'
when 2 then 'B1i'
when 3 then 'Jesus Alberto Anderson Olivas'
when 4 then 'Alba Nidia Arredondo Zubiran'
when 5 then 'Nancy Maldonado Morales'
when 6 then 'Flor Nayeli Delgado Delgado'
when 7 then 'Perla de Jesus Irigoyen Diaz'
when 8 then 'Flor Nayeli Delgado Delgado'
when 9 then 'Juan Antonio Ontiveros Gardea'
when 10 then 'Claudia Angelica Olivas Grijalva'
when 11 then 'Perla'
when 12 then 'Rocio Rodriguez'
end,
Quien_lo_modifico = CASE je.usersign2
when 1 then 'Manager'
when 2 then 'B1i'
when 3 then 'Jesus Alberto Anderson Olivas'
when 4 then 'Alba Nidia Arredondo Zubiran'
when 5 then 'Nancy Maldonado Morales'
when 6 then 'Flor Nayeli Delgado Delgado'
when 7 then 'Perla de Jesus Irigoyen Diaz'
when 8 then 'Flor Nayeli Delgado Delgado'
when 9 then 'Juan Antonio Ontiveros Gardea'
when 10 then 'Claudia Angelica Olivas Grijalva'
when 11 then 'Perla'
when 12 then 'Rocio Rodriguez'
end,
isnull(OI.Footer,'') + isnull(OC.Footer,'') as 'Footer Document
/* o intenta con las siguientes dos líneas, no indicas si lo necesitas separado o en una columna:
OI.Footer 'Footer Factura clientes'
OC.Footer 'Footer OC' */
FROM JDT1 as je1
left join OPRC as prc on je1.ProfitCode = prc.PrcCode
left join OPRC as prc2 on je1.OcrCode2 = prc2.PrcCode
left join OPRC as prc3 on je1.OcrCode3 = prc3.PrcCode
left join OPRC as prc4 on je1.OcrCode4 = prc4.PrcCode
left join OPRC as prc5 on je1.OcrCode5 = prc5.PrcCode
inner join OACT as acc on je1.Account = acc.AcctCode
join OJDT as je on je1.TransId = je.TransId
left join OINV OI on OI.TransId=je1.TransId
left join OPOR OC on OC.TransId=je1.TransId
join ousr b on je.usersign=b.internal_K
order by 4
Sólo agregarle los LEFT JOINs q te hagan falta de los otros tipos de documento...
Saludos y suerte